Macrogen gunakan DRAGEN dari Edico Genome untuk mempercepat analisis genom dan sekuensi klinis berskala besar

SEOUL, Korea Selatan dan SAN DIEGO, 11 Januari 2016(Antara/PRNewswire) -- Macrogen,pemimpin dunia di dalam penyediaan layanan sekuensi genom, dan Edico Genome,hari ini mengumumkan kalau Macrogen telah memilih DRAGEN™ Bio-IT Processors dariEdico Genome untuk memperkuat kapabilitas pengolahan big data dan kapasitasanalisis genom dan sekuensi klinisberskala besar. Macrogen memiliki sejumlah fasilitas sekuensi generasiselanjutnya (NGS) yang berkelas dunia, yang dilengkapi dengan sistem sekuensiIllumina's HiSeq™ X Ten, HiSeq 2000, HiSeq 2500, HiSeq 4000 and MiSeq®; sistemThermo Fisher's Ion PGM™ and Ion Proton™; sistem Roche's GS-FLX; dan peralatanPacBio. Sedangkan kapasitas penyimpanan IT Macrogen mencapai lebih dari 11petabyte dan lebih dari 3000 cluster inti. Dengan menggunakan DRAGEN, Macrogendapat menganalisa tiap genom (30x pencakupan) yang dihasilkan oleh sistemsekuensi HiSeq X Ten mereka hanya dalam waktu 26 menit, sekaligus menjagatingkat sensivitas dan spesifisitas yang tinggi. Kapabilitas analisis inimencakup konversi dari BCL, berkas yang dihantarkan oleh perangkat sekuensi, keberbagai format panggilan (VCF).

Logo - http://photos.prnewswire.com/prnh/20140716/127788

Macrogen menyediakan berbagai layanan analisisgenom, termasuk layanan sekuensi genom seluruh tubuh berskala besar danberbasis platform HiSeq X Ten, yang juga dikenal sebagai X-Genome (Xpressway toGenome). Macrogen Corp (AS), anak perusahaan Macrogen, kini menyediakan layananperawatan kesehatan berbasis sekuensi klinis untuk kalangan dokter dan pasienmelalui Laboratorium Klinisnya yang telah bersertifikasi CLIA. Lebih jauh lagi,Macrogen berencana untuk meluncurkan lini bisnis informasi dan konten perawatankesehatan dengan menggunakan big data genomik yang diperoleh dari Asian GenomeProject dan jaringan genom globalnya.

"Selain kapasitas yang kami miliki untukmenghasilkan lebih dari 500 GB data NGS per hari dengan menggunakan rangkaianplatform NGS kami, kemampuan untuk mempercepat analisis big data juga tentunyaakan memungkinkan kami untuk mengoperasikan berbagai fasilitas NGS kami dalamskala yang maksimal dan lebih jauh meningkatkan kepuasan konsumen kami,"ujar chairman dan pendiri Macrogen, Dr. Jeong-Sun Seo. "Setelahmengevaluasi beberapa opsi analisis data, kami mendapati kemampuan DRAGEN untukmenghemat waktu yang sangat optimal, selain mampu menekan biaya infrastruktursecara bersamaan dan menjaga akurasi yang tinggi, menjadi solusi terbaik yangdapat kami tawarkan kepada para konsumen kami yang sedang berupaya untukmeningkatkan pengobatan dan riset genomik yang dipersonalisasikan."

DRAGEN adalah teknologi pengolah pertama di duniayang dirancang untuk menganalisa data NGS. Teknologi ini terintegrasi padakartu PCIe dan tersedia dalam bentuk server prakonfigurasi, sehinggamelancarkan integrasi menjadi alur kerja bioinformatika.

"Sebagai salah satu pusat sekuensi terbesar didunia dan organisasi komersial pertama yang menawarkan genome senilai 1000dolar, Macrogen adalah pemimpin sejati di bidang genomik dan terus membuktikandiri dengan secara konsisten menyediakan berbagai teknologi tercanggih kepadapara konsumen mereka," ungkap CEO Edico Genome, Pieter van Rooyen, Ph.D."DRAGEN dirancang untuk mengolah big data yang diperoleh oleh perangkatsekuensi high-throuhgput dengan cepat, hemat biaya, dan akurat, dan kami sudahtidak sabar untuk dapat bekerjasama dengan Macrogen untuk mengimplementasikanDRAGEN di seluruh fasilitas kami dan menawarkan beragam manfaat Bio-ITProcessor kami kepada 17.000 pelanggan mereka di seluruh dunia."

DRAGEN baru-baru ini berhasil memecahkan rekordiagnosis selama 26 jam terhadap bayi baru lahir yang menderita penyakit kritisdengan menggunakan sekuensi genom menyeluruh sekaligus meraih sensitivitas danspesifisitas sebesar 99,5 persen, dimana hasilnya dipublikasi di Genome Medicine. Sejaksaat itu, kapabilitas genome DRAGEN telah lebih jauh ditingkatkan untuk mampumenganalisa seluruh genom, dari BCL ke VCF, hanya dalam waktu 26 menit.

DRAGEN sangat dapat dikonfigurasi ulang, denganmenggunakan field-programmable gate array(FPGA) untuk menyediakan berbagai pengimplementasian algoritma pipeline genom yang dipercepat, sepertikonversi, kompresi, pemetaan, penyesuaian, penyortiran, penandaan duplikat, danhaplotype variant calling BCL.Platform DRAGEN yang fleksibel memungkinkan Edico untuk mengembangkan algoritmamereka sendiri serta menyempurnakan dan meningkatkan pipeline genom yang sudah ada. Versi terbaru akan disediakan untukkonsumen melalui berkas yang dapat diunduh.

TentangMacrogen

Macrogen, Inc. (http://www.macrogen.com),berpusat di Seoul, Korea Selatan, adalah penyedia layanan analisis genberkualitas tinggi dan terus tumbuh menjadi yang terbesar dan terbaik di duniasejak didirikan pada 1997. Lini penawaran perusahaan ini meliputi sekuensi DNA,sekuensi generasi selanjutnya, analisis microarray,oligonucleotide synthesis, danberbagai layanan perekayasaan genetik tikus. Selain itu, Macrogen juga telahmemperluas cakupan bisnisnya ke area lain seperti diagnosa molekular dangenomik konsumen. Macrogen beroperasi hampir di seluruh dunia. Di AS, Macrogenberoperasi melalui anak perusahaannya di Rockville, New York, dan Cambridge; diBelanda di Eropa; dan di Tokyo, Jepang. Saham Macrogen diperdagangkan di KoreaSecurities Dealers Automated Quotation (simbol ticker: A038290).

TentangEdico Genome

Edico Genome adalahpencipta prosesor bioinformatik pertama di dunia yang dirancang untukmenganalisa data sekuensi generasi selanjutnya, DRAGEN™.Pertumbuhan penggunaan teknologi sekuensi generasi selanjutnya sangat pesat,sehingga melahirkan besarnya kebutuhan akan teknologi yang dapat mengolah bigdata dengan cepat dan akurat. Platform komputasi Edico Genome telah terbuktidapat mempercepat analisis data genom dari yang sebelumnya membutuhkan waktuberjam-jam menjadi hitungan menit saja, sekaligus menjaga tingkat akurasi danmenghemat biaya, sehingga memungkinkan para dokter dan peneliti untuk mengungkap jawaban lebih cepat. Untukinformasi lebih lanjut, kunjungi www.EdicoGenome.comatau ikuti @EdicoGenome.