LIPI peroleh sekuens genom utuh virus corona dengan Oxford Nanopore

Jakarta (ANTARA) - Pusat Penelitian Bioteknologi, Pusat Penelitian Biologi, dan Pusat Penelitian Informatika Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) berhasil melakukan pengurutan sekuens genom utuh atau Whole Genome Sequencing (WGS) dari dua sampel virus corona tipe SARS-CoV-2 penyebab COVID-19 di Indonesia menggunakan teknologi Oxford Nanopore.

Menurut siaran pers LIPI yang diterima di Jakarta, Sabtu, hasil sekuens tersebut pada 25 Agustus 2020 telah diajukan ke Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID), sebuah lembaga bank data yang saat ini menjadi acuan data genom virus SARS-CoV-2.

Anggota tim riset WGS dari Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI Anggia Prasetyoputri menjelaskan bahwa semua makhluk hidup, termasuk virus penyebab COVID-19, memiliki kode genetik sendiri berupa deoxyribonucleic acid (DNA) atau ribonucleic acid (RNA).

"Rangkaian DNA atau RNA tersebut menyusun suatu kode genetik yang secara keseluruhan membentuk sebuah genom. Pengurutan rangkaian DNA atau RNA tersebut menjadi gambar genom yang utuh untuk dapat dilakukan Whole Genome Sequencing," katanya.

Melalui WGS tersebut, ia melanjutkan, informasi genetik yang tersandi dalam rangkaian RNA genom virus dapat memberikan beberapa informasi yang dibutuhkan tentang bagaimana cara membangun, menjaga, serta melemahkan virus.

Pengetahuan awal mengenai kode genetik virus, kata dia, akan memberikan informasi lebih lanjut tentang bagaimana cara menangani virus tersebut, termasuk mengembangkan vaksin yang lebih sesuai untuk masyarakat Indonesia.

Ia menjelaskan bahwa SARS-CoV-2 merupakan virus yang memiliki materi genetik sehingga memiliki kemungkinan untuk mengalami perubahan atau mampu bermutasi dengan cepat.

"Dari hasil WGS beberapa sampel virus yang ada di Indonesia, telah ditemukan adanya mutasi pada 12 sekuens SARS-CoV-2 yang telah diunggah di GISAID berupa mutasi yang terjadi pada nukleotida sehingga menyebabkan perubahan pada asam amino yang disandinya,” kata dia.

Para peneliti LIPI melakukan pengurutan sekuens genom virus corona menggunakan teknologi Oxford Nanopore.

Kepala Laboratorium Biosafety Level-3 Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI Ratih Asmana Ningrum mengatakan bahwa teknologi tersebut menggunakan prinsip kerja lubang berskala nano.

"Perangkat Oxford Nanopore melewatkan arus ionik melalui pori-pori nano dan mengukur perubahan arus saat molekul biologis melewati pori-pori tersebut," katanya.

Ratih mengatakan bahwa informasi tentang perubahan arus dapat digunakan untuk mengidentifikasi molekul. "Jika untai DNA dilewatkan melalui nanopore, terjadi perubahan arus saat basa G, A, T dan C melewati pori dalam kombinasi yang berbeda," ujarnya.

Pengukuran tersebut, menurut dia, akan menjadi dasar penentuan urutan basa dalam suatu sekuens.

"Tentu saja diperlukan pengolahan data secara bertahap sehingga dapat diperoleh urutan genom lengkap dari suatu organisme," katanya.

Ia menurutkan bahwa platform Oxford Nanopore tersebut memiliki banyak keunggulan, antara lain memungkinkan pengerjaan dalam waktu cepat dan fleksibel, instrumen bersifat portabel dan berukuran mini, serta harga instrumen cukup terjangkau.

"Namun, penggunaan platform ini masih sangat terbatas. Salah satu faktor pembatasnya adalah kurangnya sumber daya manusia yang terampil dalam menggunakan teknologi tersebut," katanya.

LIPI mendorong penguasaan teknologi tersebut untuk membantu menghasilkan data genom virus SARS-CoV-2 lebih cepat sehingga Indonesia memiliki lebih banyak informasi genom virus yang sangat dibutuhkan di masa pandemi COVID-19.